アフリカ南部の内陸国であるボツワナは、砂で覆われた盆地で平均海抜1,100メートルのカラハリ砂漠が、その国土の大部分を占めています。東経20度から30度、南緯18度から27度の位置にあります。

北東側はザンビアとジンバブエ、北および西側はナミビア、南および南西側は南アフリカに国境を接しています。最北部のカズングラ地域には、ボツワナ、ジンバブエ、ザンビア、ナミビアの4カ国がザンベジ川上の１か所で交わる地点があります。

一部には河川が国境になっているところがあります。北の国境に沿ってチョベ川、南西の国境をノソブ川、 南の国境をモロポ川、東の国境をマリコ川、シャシェ川、リンポポ川が流れています。北部のオカバンゴ地域やチョベ地域を除き、ボツワナには恒久的な地表水がほとんど存在しません。


ボツワナは南部アフリカに位置し、国土の約3分の2は亜熱帯に属します。マハラペのすぐ南側に南回帰線（赤道の南、23度30分の緯線）が通っており、これは、太陽が正午に天頂に来る最南端の緯度です。太陽が正午に天頂に来るのは、一年のうち最も昼の長い夏至の日です。（南半球の夏至は12月で日本の冬至にあたる）

ボツワナの最北部から最南部までの距離は約1,110kmです。東西の最大幅は960kmとなっています。ボツワナの面積は約58万1,730kmで、日本の約1.5倍です。最も近い南西の海岸線からの距離は約500kmです。

人口の80％は、3つの大きな都市がある東部に集中しています。北はラモクウェバネ、南はラマトラバマまで広がる細長いエリアです。インセルバーグ(浸食抵抗性のある岩石の露出部)やコピー（風化し石塊になった岩石)が点在し、地形と地質が多様です。南東部も、ある程度の降水量があり（カラハリと同じくらい乾燥しているボビルワを除く）、土壌の自然のままでの肥沃度では農業に利用できる可能性は低いものの、カラハリの砂地よりは優れています。

ボツワナの西側にはカラハリ砂漠が広がり、国土の84％を覆っています。さらにボツワナの西の国境を大きく越え、南アフリカやナミビア、アンゴラの大部分までをも覆っています。

しかし、カラハリは厳密には「砂漠」でありません。初期の旅行者は、カラハリを「乾燥地帯」と定義しました。カラハリの大部分は、矮小有刺植物、低木林、林や草地をはじめとする植生で覆われています。大部分は変化の少ない平坦地で、時に緩やかな谷や砂丘、多数の窪地、最北西部ではアハ・ヒルズ、ツォディロ・ヒルズ、コアナカ、チュイハバなどの単独の丘陵が点在します。南西部には、規模と複雑性が異なる砂丘帯があります。窪地には雨季の間に水がたまり、地表層が硬いため水はすぐには吸収されずに残ります。こうした窪地は野生動物にとって、そこに存在する塩分や草から貴重な栄養分が得られるため、非常に重要です。

国の北西部には、アンゴラの高原地帯を水源とするオカバンゴ川が流れ込み、カラハリの砂に染みながら1万5,000kmにわたり 網の目状に水路やラグーン、湿地、小島を形成したオカバンゴ湿地帯が広がります。オカバンゴ湿地帯は世界最大の内陸河川デルタで、その面積は日本の四国ほどにおよびます。カラハリの北東部には、大規模な網の目状の塩低地・一時湖群であるマカディカディ・パンがあります。

ボツワナにはこれと言う山脈がなく、特に南東側の国境沿いや最北西部地域は、ほぼ一様に平らな地形であり、時に低い丘陵が現れる程度です。ボツワナの最高峰はロバツェの近くにある1,491ｍのオツェ山ですが、国の北西角にあるツォディロ・ヒルズの主要な3つの山頂のほうがより印象的です。